新闻大事件 | 计算机辅助药物设计WORKSHOP(第二期)
课程背景
 
随着近年来国内生物医药行业的蓬勃发展,加速药物分子的临床前筛选发现和优化已成为医药行业从业人员的普遍需求。多年来,计算机辅助药物设计(CADD)作为赋能医药企业药物研发,减少药物分子临床前研究时间和成本的重要手段已被很多国际大型医药公司广泛使用,这一手段也成为AI时代背景下相关从业人员的一项必备技能。清华大学药学院在结构生物学、化学、生物学等方面的突出优势,结合薛定谔在计算化学领域的领先成果,双方共同成立了计算药物化学卓越中心并设计开发了本课程,旨在培养计算机药物开发设计领域的领军人才。
 
课程软件
 
本次workshop使用的教学软件:薛定谔软件( Schrödinger)作为行业内最富盛名且被普遍使用的一款药物发现软件,已被国际医药巨头公司如(Pfizer、MORPHIC、SANOFI等)使用多年,在学术界也得到了广泛认可,例如(Columbia University、Yale University、Harvard University、MIT、Stanford、UCSF)等都是该软件的客户群。
 
课程内容
 
 
本次workshop主要专注于小分子药物研发设计模块,让用户通过直观的药物模型模拟方法, 专门解决与小分子药物设计相关的关键问题。
 
软件包含多种药物设计和筛选的模块:
1.受体-配体对接
2.诱导契合对接
3.药效团/形状筛选
4.三维定量构效关系
 
本篇文章因篇幅原因仅介绍功能性与本次课程相关部分,更多了解请参考薛定谔软件官网
链接:https://www.schrodinger.com
 
本次workshop的主要培训内容如下
 
Maestro
Maestro是薛定谔多年研究和开发的结晶,是薛定谔所有计算技术的门户,它不仅仅是直观有效完成工作的用户界面,还可以帮助研究人员组织和分析数据。本教程将探讨Maestro对化学家在药物研发过程中创意的生成和先导化合物的优化阶段有帮助的一系列任务和工具。
 
Glide
随着越来越多的药物研发项目可以获得其靶点的高分辨率晶体结构,高性能配体-受体对接作为明确的计算策略,其结果可以丰富化学数据库中合适的候选先导化合物的比例,从而提高生产力和降低药物开发成本。本教程将指导如何生成蛋白质受体网格,将配体对接到受体网格中,并分析对接结果。
 
IFD
蛋白质复合物活性位点的几何形状很大程度上取决于由所结合的配体诱导产生的构象变化。本教程将介绍薛定谔的诱导配合对接(IFD)方案是如何通过使用Glide和Prime,详尽考虑可能的结合模式以及受体活性位点内的相关构象变化来解决该问题,独特的程序使化学家能够以最低的费用快速预测活性位点几何形状。
 
Pharmacophore modeling
药效团建模在过去的25年中证明了其在药物设计中的价值,在靶标识别,核心迁跃和先导化合物优化方面都取得了成功。通过确定与受体相互作用的化学特征的空间排列,药效团建模有助于在没有蛋白质结构的情况下理解未知的结合位点。针对这些特征的虚拟筛选可以有效地鉴定可能结合靶标受体的新化合物和化学型。本教程演示了如何从同类配体组和多样化配体组中产生药效团假设,如何使用产生的药效团假设筛选化合物数据库。
 
MD
分子和凝聚相系统本质上是动态的,这些系统包括蛋白质 - 配体复合物,混合溶剂中的小分子,有机固体以及合成的大分子复合物,分子动力学(MD)模拟作为基本计算工具,通过分析分子和原子水平上的运动,理解关键的物理化学现象,为解决许多药物发现问题以及为应用开发各种新材料打开大门。本教程演示了如何使用分子动力学工具探索小分子和蛋白质-体复合物的构象空间并进行构象灵活性分析。
 
FEP+
由于力场和采样算法的不断改进,加上低成本并行计算的实现,自由能计算的结果可以与实验测定的结合亲和力进行有意义的比较。FEP+直观的用户界面允许用户轻松设置所需要的自由能干扰,并且能够方便的可视化和检查计算结果。这些进步使得计算机模拟能够对先导化合物优化提供更好的综合决策,帮助项目团队更有效,更成功地开发候选化合物。本教程将探讨FEP+计算前重要注意事项,演示如何设置FEP+ 作业和分析FEP+结果。
 
Watermap
Watermap绘制了蛋白质结合位点中水分子的位置和热力学性质,并以图形方式显示计算结果,便于水合位点的可视化,使SAR的解释更直观,提供了可能提高先导化合物活性和选择性的优化设计路线。本教程将演示如何设置watermap计算,分析计算结果,以及根据计算结果来指导化合物的设计。
 
Antibody Modeling
BioLuminate是一个全面的用户界面,利用行业领先的模拟技术和高效的任务组织和工作流程,解决与生物分子设计相关的问题。本教程将介绍BioLuminate提供的抗体的同源建模,从序列自动预测CDR loop区,以及抗体蛋白聚合预测。
使用 Schrödinger制作的蛋白质的三维结构图
 
上课时间:2018年12月15-16日
(报名截止时间12月9日)
上课地点:清华大学
报名课程后还需下载上课所用软件,生成license需要各位学员提前一周准备好
 
汇款方式
账户名称:清华大学
账 号:0200004509089131550
开户行名称:工行北京分行海淀西区支行
汇款用途:(薛定谔二期 +学员姓名)

联系人:王老师 13910199400  其老师  62790929 邮箱:wangbinb@tsinghua.edu.cn