当前的研究方向
细胞的“身份”长期被记录在染色质修饰之中，但这些化学标记是可被反复抹除-重写的，那么在不断翻新的标记体系里，稳态如何被维系？又是什么作用让系统跨过阈值、滑向疾病？为回答这一核心问题，实验室同时发展创新实验技术与计算模型，并聚焦两条互补生物体系：（1）神经细胞的转录-表观遗传稳态：神经元如何在数年乃至数十年内保持活动依赖的基因表达程序？稳态的变化如何导致阿尔茨海默病（AD）和成瘾？（2）T 细胞的命运选择：基因调控稳态的变化如何决定增殖、杀伤与耗竭之间的平衡？能否重新设定 “稳态阈值” ，以增强肿瘤免疫疗效或缓解自身免疫？
我们发展基因组分析、编辑与调控技术，多组学、多模态数据的分析框架，力求描绘出稳态-失稳的能量景观，从数据和实验中解析关键因素，寻找可逆干预窗口，为神经退行性疾病与免疫相关疾病提供新的治疗策略。
科学贡献
1、凝聚体与细胞的稳态维持（Cell 2024）
2、神经系统的注意力机制与皮层-丘脑回路的调控（Nature 2020）
3、神经系统的单细胞核表征技术与神经再生的分子解析（Science 2016）
4、精准基因编辑系统
5、合成生物学和基因电路
荣誉和奖项
2019 MIT Technology Review TR35 China
2016 国家优秀自费留学生，特别优秀奖
2016 Wenner-Gren Fellowship
2013 McGovern Institute Fellowship
代表性论文
1. He J*, Huo X*, Pei G*, Jia Z*, Yan Y, Yu J, Qu H, Xie Y, Yuan J, Zheng Y, Hu Y, Shi M, You K, Li T, Ma T, Zhang MQ, Ding S, Li P#, Li Y#. Dual-role transcription factors stabilize intermediate expression levels. Cell. 2024 Apr 10:S0092-8674(24)00314-3.
2. Li Y*, Lopez-Huerta VG*, Adiconis X*, Levandowski K, Choi S, Simmons SK, Arias-Garcia MA, Guo B, Yao AY, Blosser TR, Wimmer RD, Aida T, Atamian A, Naik T, Sun X, Bi D, Malhotra D, Hession CC, Shema R, Gomes M, Li T, Hwang E, Krol A, Kowalczyk M, Peça J, Pan G, Halassa MM, Levin JZ#, Fu Z#, Feng G#. Distinct subnetworks of the thalamic reticular nucleus. Nature. 2020, 583(7818):819-824.
3. Habib N*, Li Y*, Heidenreich M, Swiech L, Avraham-Davidi I, Trombetta JJ, Hession C, Zhang F#, Regev A#. Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons. SCIENCE. 2016, 353(6302):925-8.
