学术报告 | 药学院海外学者讲坛|美国斯克里普斯研究所Ahmed H. Badran教授精彩分享


药学院海外学者讲坛

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2026年9月15日,清华大学药学院海外学者讲坛在医学科学楼B323举行。本次讲坛邀请美国斯克里普斯研究所(Scripps Research)Ahmed H. Badran教授作题为“Programmable Biosynthesis of New-to-Nature Molecules”的学术报告,由药学院储凌研究员主持。

主讲嘉宾介绍



Ahmed H. Badran教授现任美国斯克里普斯研究所化学系、整合结构与计算生物学系副教授。他本科毕业于亚利桑那大学,获生物化学与分子生物物理学学士学位;随后作为美国国家科学基金会研究生奖学金获得者进入哈佛大学,开展蛋白质高通量定向进化研究,并于2016年获得化学生物学博士学位。

博士毕业后,Badran教授入选哈佛大学与麻省理工学院Broad研究所首批研究员,带领团队开发调控蛋白质翻译和拓展细胞遗传密码的新技术。2021年,他加入斯克里普斯研究所,致力于利用生物系统的可编程性,为生物医学的重要问题提出新一代解决方案。

Badran教授的研究综合运用化学生物学、生物工程、定向进化、基因组编辑与合成生物学等方法,重点关注碳固定酶工程、病原体特异性抗菌药物、连接合成化学与分子生物学的新型催化剂,以及具有治疗潜力的新型生物活性分子。近年来,他先后获评Chemical & Engineering News“Talented 12”、美国总统青年科学家与工程师奖(PECASE)等荣誉。





报告内容分享

报告中,Badran教授首先介绍了遗传密码扩展的基本原理及其应用价值。天然蛋白质主要由20种标准氨基酸构成,而将非天然氨基酸引入蛋白质,有望赋予其自然界中并不存在的新结构与新功能。然而,现有技术仍面临掺入效率较低、对序列环境敏感,以及难以在同一分子中引入多种非天然氨基酸等问题。

围绕体内遗传密码扩展中的“密码子问题”,Badran教授比较了终止密码子抑制、基因组重写、合成碱基和四联体密码子等技术路径。其中,四联体密码子以四个核苷酸作为一个编码单元,可显著拓展可用密码子的数量,为同时编码多种非天然氨基酸提供新的可能。但其应用仍受到解码效率和翻译可预测性不足等因素限制。

为解决这一问题, Badran教授重点介绍了如何利用噬菌体辅助连续进化(phage-assisted continuous evolution,PACE)提高四联体解码tRNA(qtRNA)的性能。tRNA本身的性质以及目标位点附近的密码子使用情况,均会显著影响四联体密码子的翻译效率。经过连续突变和选择,团队获得了解码效率显著提高的qtRNA变体,最高可将四联体密码子的翻译效率提升约80倍,为多种密码子的并行解码奠定了基础。

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为定量评价这些翻译元件,团队使用超折叠绿色荧光蛋白(sfGFP)作为报告系统,只有当相应qtRNA成功完成四碱基解码、使后续序列恢复正确阅读框时,细胞才能产生完整的绿色荧光蛋白,因此荧光强度可以直观反映解码效率。利用这一体系,团队不仅验证了多个qtRNA的活性与正交性,还实现了在同一个sfGFP分子中解码四种不同的四联体密码子。另外,四联体密码子下游紧邻的高使用频率密码子有利于正确解码;相反,质粒中某些可能与qtRNA发生竞争的三联体密码子会造成非目标移码。基于这一规律,团队提出了质粒水平的“密码子压缩”策略,在不改造宿主基因组、也不更换天然核糖体的情况下,提高遗传密码扩展(GCE)的效率、稳定性与产物纯度。

在此基础上,优化后的GCE体系可以与分裂内含肽介导的多肽及蛋白质环化技术(SICLOPPS)相结合在大肠杆菌中合成了超过100种自然界中不存在的大环肽,部分分子可同时携带三种不同的非天然氨基酸。这一成果将四联体密码子转化为可编程分子制造工具,为构建多样化大环肽库和发现新型药物先导分子提供了新路径。

报告最后,Badran教授展望了该技术在活性大环分子筛选、主链修饰单体引入和高阶环状结构构建等方面的应用前景,为新型蛋白质、多肽药物及其他“超越自然”的功能分子创制提供了新的可能。

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互动环节

在问答交流环节,与会师生踊跃提问,现场学术氛围热烈。针对Badran教授的报告内容,提问主要围绕四联体密码子的识别机制与翻译特异性、正交氨酰-tRNA合成酶(aaRS)的改造与匹配,以及四联体密码子技术在复杂体系中的应用前景等核心问题展开。Badran教授就如何保证四联体密码子解码的保真度、避免移码突变,以及如何通过定向进化获得高特异性的正交翻译元件等细节,与在场师生进行了深入的探讨与交流。

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颁发纪念证书

活动最后,清华大学药学院储凌研究员为Ahmed H. Badran教授颁发了论坛纪念奖杯并合影留念。